布景介绍
c-ros赘瘤致癌因子-受体酪氨酸激酶(ROS proto-oncogene 1 , receptor tyrosine kinase, ROS1) 基因定位于6q22.1,编码一种受体酪氨酸激酶(RTK),与细胞的成长、增殖、分化和生计有关。在NSCLC中ROS1基因重要与CD74、EZR、SLC34A2和GOPC等14种基因产生融合,并持续激活ROS1酪氨酸激酶区及下游信号通路,进而引起肿瘤的产生发展。
信号模式
GOPC基因位于6q22.1区域,与ROS1基因相隔200kb。GOPC基因与ROS1基因融应时,会产生ROS1与GOPC中央区域内的片段缺失,就会在FISH检测中看到一绿一融合的信号模式。
EZR基因位于6q25.3区域,与ROS1基因相隔4Mb。ERZ基因与ROS1基因融应时,会产生染色体内倒位,形成典型的一绿一红一融合信号模式。
当ROS1与其他基因产生沉排时,ROS1基因5’端转移至其他染色体区域,形成了典型的一绿一红一融合信号模式。
凭据现有探针设计规划,笔者发现分歧探针设计规划可能在检测ROS1基因沉排时并不能检测出非典型的一绿一融合信号模式。
图1 ROS1基因沉排模式
探针设计
分歧公司的探针,其设计规划可能有所分歧,下面列举市面上主流四家公司ROS1基因断裂探针的设计规划,比力各探针设计的区别。
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_____图2 ROS1断裂探针设计 ____
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_____图2中能够看到________,A公司ROS1基因断裂探针设计规划选取绿色染料象征ROS1基因3’端区域(557kb)________,橘红色染料象征ROS1基因5’端区域(317kb)________,5’端长度317kb覆盖了GOPC基因______。BCD公司ROS1基因断裂探针5’端区域长约200kb________,并未覆盖GOPC基因______。 ____
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_____比力两种设计规划________,A公司橘红色染料象征ROS1基因5’端区域蕴含ROS1基因和GOPC基因________,当产生GOPC-ROS1沉排而导致GOPC与ROS1中央区域缺失时________,由于该设计会残留100kb左右片段________,形成在显微镜下可见的红色信号点________,依然形成一个融合信号________,所以该设计规划无法检测ROS1和 GOPC是否产生沉排________,存在漏检风险______。 ____
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_____BCD公司橘红色染料象征ROS1基因5’端区域不蕴含GOPC基因________,当ROS1和 GOPC产生沉排________,形成GOPC-ROS1融合基因时________,引起两个基因中央区域200kb左右红色区域缺失________,导致单绿(1G1F)阳性信号________,与《ROS1阳性非幼细胞肺癌诊断病理专家共识》中ROS1了局判读一致______。 ____
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_____从ROS1基因断裂探针设计能够看出________,分歧厂家的设计规划会有差距________,该差距会导致临床漏检________,存在较大的风险______。当我们在选购分歧探针时________,必要当真钻研探针设计规划________,尽量削减临床漏检和错检情况的出现______。 ____